Priobalna staništa
Podvodni život
U vodama Lošinja i Cresa zabilježeno je 95 vrsta riba, što je gotovo četvrtina vrsta nađenih u Jadranskom moru. Neke od njih značajno su ugrožene izlovom, posebice vrste kao npr. kirnja (Epinephelus guaza). Kroz cijelo područje predloženo za zaštitu prostiru se velike livade morske trave voge (Posidonia oceanica) koje još nisu kartirana. Podmorsko područje oko Ćutina Velog i Ćutina Malog ima visokorazvijene zajednice koralja u kojima dominiraju ovapnjene alge, koralji, mahovnjaci i spužve karakterizirane raznim vrstama koraljnih oblika. Koralji žive isključivo u područjima visoke čistoće mora s malim taloženjem krutih suspendiranih čestica, a u ovom području nađene su i mnoge rijetke vrste od kojih su neke zaštićene, kao što su npr. morska lepeza Paramuricea chamaelon i crveni koralj Corallium rubrum. Ipak, stalna dostupnost ovog područja i vrsta brojnim grupama ronilaca dovodi ih u znatnu opasnost. Ovdje nalazimo i brojna naselja prstaca (Lithophaga lithophaga, Pholas dactilus), čije ilegalno izlovljavanje unatoč zakonskoj zaštiti koju uživaju, uzrokuje opadanje njihove brojnosti, no što je još važnije, u velikoj mjeri doprinosi uništavanju stjenovite obalu.
Invazivne vrste
Naseljavanje stranih ili "invazivnih" vrsta može nepovratno narušiti ravnotežu unutar eko-sustava. Daleko najveće unošenje invazivnih vrsta uzrokuje ispuštanje balastnih voda brodova širom svijeta. Balastne vode služe brodu bez tereta za uspostavu ravnoteže i važne su za sigurnost plovidbu. S obzirom da se kao balastna voda koristi morska voda ona sadrži jajašca i različite razvojne stadije mnogih organizama, ličinke, bakterije, alge itd. Nakon ispuštanja iz broda ti se organizmi često nalaze u savršenim prirodnim uvjetima te nemaju prirodnih neprijatelja koji bi ograničili njihovo razmnožavanje. Tako npr. možda najveću prijetnju morskim travama (Posidonia spp.) u Sredozemlju predstavlja tropska alga Caulerpa taxifolia. Otkad je 1984. u Monaku otkriven prvi četvorni metar ove alge, ona je naselila područje veće od 1500 ha duž francuske i talijanske obale, a nedavno su naselja ove alge otkrivene i na hrvatskoj obali. Njezino eksplozivno širenje ugrožava prirodne eko-sustave pa možemo očekivati nepovratne promjene obalnih eko-sustava. Nedavno je kod otoka Hvara pronađena još agresivnija vrsta, Caulerpa racemosa.
